تم إنشاء حديقة الحيوان كأساس ، بدأها عالم الطيور ، أوتو فيرينجر.
حصل فرينجر على الدعم من كارل بوش ، الكيميائي والمهندس الألماني والحائز على جائزة نوبل في الكيمياء.
خلال السنوات الأولى ، كانت حديقة حيوان هايدلبرغ تعاني من نقص الأموال ، والتي تفاقمت حتى بعد عام 1940 والحرب العالمية الثانية.
في مارس 1945 ، تم تدمير حديقة الحيوان بالكامل خلال التفجيرات.
في عام 1972 ، تم تعيين مدير جديد ، وبدأ الإصلاح.
تمت إضافة العديد من العلب الجديدة ، مثل العلبة الجديدة لأسود البحر 1973 ، وإفريقيا العلبة 1977 ، والحيوانات آكلة اللحوم 1978 ، والدببة البنية 1981 ، والطيور العلبة 1985 ، والرئيسيات 1988 ، تليها العلبة النمر الجديدة وغيرها من المباني.
تم افتتاح منزل جديد للأفيال في عام 2010 ، حيث يتم الاحتفاظ بثور الأفيال الصغيرة فقط ، كجزء من برنامج تربية EEP للأفيال الآسيوية.