يعود تاريخ حديقة لايبزيج النباتية إلى عام 1542 على الأقل ،على الرغم من أن الحديقة قد تحركت عدة مرات. تم إنشاؤها بعد فترة وجيزة من إصلاح الجامعة في عام 1539 ، عندما تبرع موريس ، الناخب الساكسوني دير سانت باولي الدومينيكي. حديقة الدير السابقة ، على الجانب الشمالي من Paulinerkirche ، والتي أعيدت صياغتها كدواء البواسير بحلول مايو 1543.
تم تدمير هذه الحديقة الأولى في حرب الثلاثين عامًا ، وفي عام 1648 ، استحوذت الجامعة على موقع جديد (الآن Grimmaic Street) حيث أنشأت في عام 1653 حديقتها الثانية. في عام 1807 تم نقل الحديقة إلى أراضي Pleißemühlgraben ، حيث تم بناء الدفيئات الزراعية بعد عام 1840. بحلول عام 1857 تم زراعة الحديقة أكثر من 10000 نوع ، منها 4500 نمت في البيوت الزجاجية.