تعود أصول الحديقة النباتية لمدينة لينز إلى صيانة حديقة نباتية بجوار كلية الويسيانوم ، وهي مدرسة ثانوية من الرتبة اليسوعية ، في فرينبرج.
في عام 1926 ، استولت مدينة لينز على الحديقة النباتية لجمعية التاريخ الطبيعي في Dinghoferstrasse ، التي بنيت في عام 1869 ، كمرفق عام ، والتي كان عليها أن تفسح المجال أمام جمعية الأطباء ومبنى الجمعية الطبية للنمسا العليا في عام 1937 بسبب بيع المنطقة من قبل مدينة لينز . تم الاستيلاء على النباتات من قبل حضانة المدينة ، ولكن معظم النباتات وقعت ضحية للدمار خلال الحرب العالمية الثانية.
بعد الحرب ، تقدم مجلس المدارس الحكومية في النمسا العليا بطلب إلى عمدة لينز في عام 1946 لإنشاء حديقة نباتية جديدة ، حيث خصصت في عام 1950 مساحة 1.8 هكتار في Roseggerstrasse في Gugl لإنشاء حديقة جديدة. في عام 1952 ، افتتح العمدة إرنست كورف أخيرًا الحديقة النباتية العامة في موقعه الحالي. تم توسيع المنطقة لأول مرة في عام 1961 مع المشتريات الأساسية. في عام 1963 ، أعلنت المنظمة الدولية للبحوث النضرة (IOS) أن الحديقة النباتية لمدينة لينز هي الراعي الأوروبي الرابع لمجموعة نباتات واقية وأنواع نبات الصبار. تم فتح المنطقة الموسعة في عام 1965 وتم شراء قطعة أرض ثانية في نفس العام.
بعد مرور عام ، وصلت الحديقة النباتية لمدينة لينز إلى الحجم الحالي البالغ حوالي 4.2 هكتار مع إنشاء حديقة الورود. في السنوات التالية كان هناك العديد من التحويلات والمباني الجديدة من الدفيئات ، ومباني العمل والإدارة. في عام 2000 ، تم إثراء الحديقة بإمكانية تنظيم المزيد من الفعاليات الثقافية من خلال بناء مسرح في الهواء الطلق مع 100 مقعد ، وغرفة للندوات ومقهى. بعد دمج الحديقة النباتية مع محطة التاريخ الطبيعي لمدينة لينز في إطار إعادة الهيكلة الداخلية في عام 2005 ، أدت الحديقة الطبيعية مع فندق الحشرات ، معرض النحل ، جدار الحجر الطبيعي ، ملجأ القنفذ وغيرها من المساكن الحيوانية إلى زيادة التركيز على الحيوانات في لينز حديقة.