تقع المحمية على ارتفاع 491 م عن سطح البحر وتتميز بأنها أراضٍ رطبة فريدة من نوعها حيث يستطيع فيها العديد من الكائنات الحية البقاء على قيد الحياة لفترة من الظروف غير المؤاتية كالتجمد ويتراوح معدل هطول الأمطار السنوي في حوض الأزرق ما يعادل 350 ملم شمالآ إلى أقل من 75 ملم جنوبآ و من 180 ملم غربآ إلى أقل من 50 ملم شرقآ حيث أن معدل الهطول المطري طويل الأمد 90 ملم سنويا في منطقة المحمية و يعتبر مناخها حارآ صيفا إلى بارد قليل الرطوبة شتاءا